Editionsleiter Christian Martin Schmidt legt die Orgelwerke Mendelssohns innerhalb der Gesamtausgabe vollständig in allen drei Bänden vor. Band I enthält die zentralen Sammlungen Drei Präludien und Fugen op. 37 und Sechs Sonaten op. 65 die ersten großen Orgelwerke des 19. Jahrhunderts, mit denen Mendelssohn nach der Barockzeit das „zweite Zeitalter der Orgelmusik“ eingeleitet hat. Die Anordnung der weiteren Bände ist chronologisch: Band II umspannt die Jahre 1820 bis 1841. Er dokumentiert die Entwicklung von den ersten Versuchen des Elfjährigen bis zu den reifen Werken des weltweit anerkannten Komponisten. In Band III sind die Jahre 1844/45 zusammengefasst, in denen sich Mendelssohn nochmals schöpferisch mit der Orgel auseinandersetzte. Unter den bislang unveröffentlichten Werken aus Band II und III verdienen die Vier Studien, die Mendelssohn 1844 seiner Schwester Fanny zum Geburtstag schenkte, gezielte Aufmerksamkeit.