Die choralgebundenen Orgelwerke umfassen neben den großen Choralfantasien traditionelle Kompositionsformen wie die Choralvariation und das Choralricercar. Die beiden Kompositionen des „Magnificat primi toni“ gehören zur Gattung der Choraltoccata, in der sich Toccatenabschnitte und Fugen abwechseln. Zur späten Abteilung im Werk Buxtehudes gehören die Choralvorspiele mit den expressiven Figurationen in der Oberstimme und den fugierten Zwischenspielen.

Die choralgebundenen Orgelwerke sind wieder in zwei Bände aufgeteilt, um eine handliche Größe zu erreichen. Es handelt sich um eine Quellenedition, in der der Notentext für die praktische Nutzung aufbereitet ist, so wurde beispielsweise großer Wert auf die gute Lesbarkeit durch eine flexible Stimmverteilung auf 2 bzw. 3 Systemen und gute Wendestellen gelegt. Der umfangreiche Textapparat (im Band III/2) enthält neben dem Kritischen Bericht ausführliche Informationen zur Notation, zum Ornamentstil und den Orgeln an den Wirkungsstätten Buxtehudes in Dänemark, Schweden und Lübeck.